Repository: mims-harvard/TDC Stars: 1263 · Forks: 219 · Language: Jupyter Notebook · License: MIT 官網：tdcommons.ai · PyPI: PyTDC 目錄 專案概述 核心架構 安裝與設定 基本使用 進階功能與應用場景 AIKT 整合分析與策略 效能、限制與替代方案 總結與建議 1. 專案概述 (Project Overview) 1.1 一句話說明 Therapeutics Data Commons (TDC; 治療科學資料共享平台) 是哈佛醫學院 Marinka Zitnik 實驗室（mims-harvard）主導的開源專...
Repository: mims-harvard/PINNACLE Stars: 109 · Forks: 26 · Language: Python · License: MIT 論文：Li et al., Contextual AI models for single-cell protein biology, Nature Methods (2024)（前身為 bioRxiv 2023.07.18.549602） 專案首頁：zitniklab.hms.harvard.edu/projects/PINNACLE Demo：huggingface.co/spaces/michellemli/PINNACLE 分...
Repository: mims-harvard/PrimeKG Stars: 791 · Forks: 154 · Language: Jupyter Notebook · License: MIT Lab: Harvard Medical School — Marinka Zitnik Lab (MIMS = Machine Intelligence for Medicine and Science) 論文: Chandak, Huang, Zitnik. “Building a knowledge graph to enable precision medicine.” Nature Scientific Data,...
Repository: mims-harvard/ProCyon Stars: 60 · Language: Python · License: MIT 分類：分子與蛋白質科學 (Molecular & Protein Science; 分子與蛋白質科學) 論文：Queen et al., ProCyon: A multimodal foundation model for protein phenotypes, bioRxiv 2024.12.10.627665 1. 專案概述 (Project Overview) 1.1 一句話說明 ProCyon 是由 Harvard Medical School 的 Zitnik Lab（...
Repository: mims-harvard/SHEPHERD Stars: 83 · Language: HTML（文件/專案頁）；核心程式碼為 Python + PyTorch + PyTorch Geometric 論文：npj Digital Medicine 8, 1–22 (2025) ——「Few shot learning for phenotype-driven diagnosis of patients with rare genetic diseases」 線上 Demo：Hugging Face Space · 專案...
Repository: mims-harvard/ToolUniverse Stars: 1554 · Forks: 235 · License: Apache-2.0 · Language: Python 論文: Democratizing AI Scientists using ToolUniverse (arXiv:2509.23426, 2025) 官網: https://aiscientist.tools · 文件: https://zitniklab.hms.harvard.edu/ToolUniverse/ 目錄 專案概述 核心架構 安裝與設定 基本使用 進階功能與應用場景 AIKT 整合分析與策略 效能、限制與替代...
Repository: mims-harvard/TxGNN Stars: 276 · Language: Jupyter Notebook · License: MIT 論文預印本：medRxiv 2023.03.19.23287458 線上 Explorer：txgnn.org 出處實驗室：Harvard MIMS Lab（Marinka Zitnik 實驗室） 1. 專案概述 (Project Overview) 1.1 這個專案在解決什麼問題？ 想像一位罕見疾病 (rare disease; 罕見疾病) 患者去看醫生。醫生翻遍藥典，發現目前「正式核准」治療這種病的藥物是零——不是因為沒有藥可能有效，而是因為： 這種病太罕...
教學：diffusionstudio/lottie — 用編碼代理生成 Lottie 動畫 1. 專案定位 diffusionstudio/lottie（專案內部代號 Text-to-Lottie）解決的問題是：讓 Claude Code、Codex 這類「支援 Agent Skills 的編碼代理」直接產出可用於生產環境的 Lottie (動畫格式; 又稱 Bodymovin JSON) 動畫檔，而不是讓人工在 After Effects 裡逐幀調整。 它不是一個「Lottie 播放器 library」，而是兩件事的組合： 一份 Agent Skill（skills/text-to-lottie/）：把「...
OpenMontage 完整教學 — AI 代理影片製作系統深度解析 1. 專案定位：它解決什麼問題？ 一句話定義 OpenMontage 是全球第一個開源的 agentic video production system（代理式影片製作系統），它讓你的 AI coding assistant（如 Claude Code、Cursor、Copilot）變成一整個影片製作團隊。 白話解釋 想像你今天想做一支 60 秒的教學影片，傳統流程是： 寫腳本（30 分鐘） 找素材圖片/影片（1-2 小時） 錄旁白或找 AI 配音（30 分鐘） 找背景音樂（30 分鐘） 剪輯合成（2-3 小時） 加字幕（1 小時） 用 OpenMontage，...
Ch 1：歡迎 – 什麼是 Vibe Coding？ 本章目標：讓從未接觸過 CLI 或程式碼的 BD（Business Development; 商務開發）人員，在 20 分鐘內理解三件事：(1) 什麼是 vibe coding，(2) Claude Code 是什麼，(3) AIKT 這套工具箱能幫你做什麼。讀完本章，你會知道為什麼你不需要學寫程式，也能讓 AI 幫你完成過去需要整個團隊才能做到的事。 1.1 開場比喻：你已經有一個超強助理了 想像一下這個場景。 你剛到一家新創生技公司上班，老闆跟你說：「這是你的私人助理。他會 Google 搜尋、會讀 PDF、會做 PowerPoint、會查學術論文、會幫你做盡職調查報告、會...