Drug-Discovery

Tutorial: deepforestsci/DeepRetro — LLM 驅動遞歸逆合成完整解析

2026-06-0511 min read Bioinformatics AiZynthFinder Cheminformatics Claude DeepSeek Drug-Discovery Hallucination-Detection Human-in-the-Loop Lead-Optimization Llm Rdkit Recursive-Llm Retrosynthesis SMILES Tutorial

DeepRetro 完整教學本文目的：把 DeepRetro 的「為什麼要用 LLM 做逆合成」、「整個 pipeline 怎麼運作」、「怎麼跑起來然後接進你的 lead optimization 工作流」一次講清楚。重點放在架構理解、實務操作、幻覺防護機制、以及對你場景的適用性評估。 1. 專案定位與動機 1.1 一句話總結 DeepRetro 是一個開源的混合式逆合成規劃工具 (hybrid retrosynthesis planning tool)，先讓 AiZynthFinder（template-based MCTS engine）嘗試，失敗時再讓 LLM（Claude / DeepSeek-R1）...

NVIDIA digital-biology-examples 完整教學：6 個生物 NIM × 1 個 Blueprint × 1 個 PyPI client 的端到端 cookbook

2026-06-0222 min read Bioinformatics Alphafold2 Bionemo Boltz-2 Diffdock Drug-Discovery Genmol Molmim Msa-Search Nim Openfold2 Parabricks Protein-Folding Rapids-Singlecell Tutorial Virtual-Screening

⚠️ 本文件為 NVIDIA/digital-biology-examples 的深度教學與資安審查報告。資安掃描章節（§6）含紅黃綠燈分級；商用部署前務必審視 §4 NIM 授權條款。目錄專案定位安裝指南核心架構解析 Helper Scripts 與工具庫詳細用法應用場景：8 個 NIM × 1 個 Blueprint × 5 條 recipe 資安掃描報告 FAQ 進階技巧整合進其他工作流重點摘要 Checklist 進一步閱讀 1. 專案定位 1.1 一句話 NVIDIA/digital-biology-examples 是 NVIDIA BioNeMo 平台官方的「生物 NIM 微服務 cookbook +...

Tutorial: NVIDIA-BioNeMo/bionemo-framework — 完整解讀（biopharma foundation model 訓練引擎，含 ESM-2 / AMPLIFY / Evo2 / Geneformer / CodonFM / MoCo 全套 recipes）

2026-06-0228 min read Bioinformatics Amplify Bionemo Biopharma-Foundation-Model Clara-Biopharma Codonfm Context-Parallel Drug-Discovery Esm2 Evo2 Fp8 Geneformer Megatron-Fsdp Moco Mxfp8 Nvfp4 Nvidia Nvidia-Bionemo Scrna-Seq Sequence-Packing Sparse-Autoencoder Transformer-Engine Tutorial

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-framework 完整教學一句話定位：NVIDIA Clara BioPharma 平台的訓練引擎開源層 — GPU 高度最佳化的 recipe 與工具集，把 NVIDIA 在 LLM 上的全套絕活（TransformerEngine FP8/MXFP8/NVFP4 低精度、megatron-FSDP、context parallel、sequence packing、Hopper / Blackwell 架構優化）搬到 biopharma 領域：從蛋白質（ESM-2 8M→15B、AMPLIFY）、單細胞 RNA（Geneformer）、基因體（Evo2 1B→40B，1M+...

Tutorial: NVIDIA-BioNeMo/bionemo-framework — 完整解讀（biopharma foundation model 訓練引擎，含 ESM-2 / AMPLIFY / Evo2 / Geneformer / CodonFM / MoCo 全套 recipes）

Tutorial: NVIDIA/BioNeMo — BioPharma Developer Asset Hub 完整解讀（生物製藥版 Nemotron：25+ 開源模型 / 10+ NIM 微服務 / 8 個 GPU 函式庫 / 完整藥物開發流程）

2026-06-0223 min read Bioinformatics Alphafold Bionemo Biopharma Boltz2 Clara Cueequivariance Diffdock Drug-Discovery Esm2 Esmfold Evo2 Generative-Ai Hub Molecule-Generation Molmim Nim-Microservices Nvidia Openfold3 Parabricks Protein-Design Tutorial

NVIDIA BioNeMo（Hub Repo）完整教學一句話定位：NVIDIA 在 BioPharma 領域的官方 Developer Asset Hub — 不是程式庫、不是模型、不是框架，而是一份集中索引 README，把散落在 NVIDIA-Digital-Bio / NVIDIA/bionemo-framework / clara-parabricks-workflows / NVlabs / build.nvidia.com 的 5 大支柱（資料 / 模型 / 函式庫 / 訓練 / NIM 推論）串成一條可導覽的入口路徑。適合：藥物開發工程師、bioinformatics 分析師、CADD（電腦輔助藥物設計）團...

celltype-agent 完整教學指南

2026-05-1811 min read AI-Agent Ai-Agent Bioinformatics Claude-Sdk Drug-Discovery Tutorial

celltype-agent 完整教學指南一句話定位：celltype-agent（CLI：ct）是藥物探索版的 AI coding agent——輸入自然語言問題，AI 自動規劃並呼叫 190+ 計算生物學工具，輸出完整研究報告。 1. 專案定位與核心概念什麼是 celltype-agent？ celltype-agent 是 CellType Inc. 開源的藥物探索自主代理。它將 Claude Agent SDK 的代理迴圈與 190+ 計算生物學工具組合，讓研究人員只需輸入自然語言問題，就能自動執行多步驟的藥物研究工作流： 1使用者問題 2 │ 3 ▼ 4Claude（規劃 → 呼叫工具 → 自我修正 → 合成） 5...