這份文件是一個完整的生物資訊分析流程教學，主要目標是利用 Seurat 套件進行差異基因表現 (Differentially Expressed Genes, DEGs) 分析，並接著使用 clusterProfiler 套件對找出的差異基因進行基因功能富集分析 (Gene Ontology, GO)。

本教學文件旨在詳細解說一份用於分析人類間質幹細胞 (Mesenchymal Stem Cells, MSCs) 在 2D 與 3D 培養環境下基因表現差異的 R 腳本。我們將使用 Affymetrix HTA 2.0 微陣列平台的數據，並透過一系列生物資訊學工具，從原始數據讀取、標準化、註解，到最終的數據可視化，一步步完成整個分析流程。