Repository: mims-harvard/AutoScientists Stars: 688 · Forks: 111 · 語言: Python 一句話簡介：Self-Organizing Agent Teams for Long-Running Scientific Experimentation（自組織 agent (代理人) 團隊，用於長時間執行的科學實驗） 論文：Gao, Fang, Zitnik. AutoScientists: Self-Organizing Agent Teams for Long-Running Scientific Experimentation. arXiv:2605.28655 出...
Decagon 教學：多關係圖卷積網路的藥物交互作用預測 Repository: mims-harvard/decagon · ⭐ 472 · MIT License 論文：Zitnik M, Agrawal M, Leskovec J. Modeling polypharmacy side effects with graph convolutional networks. Bioinformatics. 2018;34(13):i457–i466. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty294 目錄 專案概述 (Project Overview) 核心架構 (Core Architecture) 安裝與...
Repository: mims-harvard/TDC Stars: 1263 · Forks: 219 · Language: Jupyter Notebook · License: MIT 官網：tdcommons.ai · PyPI: PyTDC 目錄 專案概述 核心架構 安裝與設定 基本使用 進階功能與應用場景 AIKT 整合分析與策略 效能、限制與替代方案 總結與建議 1. 專案概述 (Project Overview) 1.1 一句話說明 Therapeutics Data Commons (TDC; 治療科學資料共享平台) 是哈佛醫學院 Marinka Zitnik 實驗室（mims-harvard）主導的開源專...
Repository: mims-harvard/PINNACLE Stars: 109 · Forks: 26 · Language: Python · License: MIT 論文：Li et al., Contextual AI models for single-cell protein biology, Nature Methods (2024)（前身為 bioRxiv 2023.07.18.549602） 專案首頁：zitniklab.hms.harvard.edu/projects/PINNACLE Demo：huggingface.co/spaces/michellemli/PINNACLE 分...
Repository: mims-harvard/PrimeKG Stars: 791 · Forks: 154 · Language: Jupyter Notebook · License: MIT Lab: Harvard Medical School — Marinka Zitnik Lab (MIMS = Machine Intelligence for Medicine and Science) 論文: Chandak, Huang, Zitnik. “Building a knowledge graph to enable precision medicine.” Nature Scientific Data,...
Repository: mims-harvard/ProCyon Stars: 60 · Language: Python · License: MIT 分類：分子與蛋白質科學 (Molecular & Protein Science; 分子與蛋白質科學) 論文：Queen et al., ProCyon: A multimodal foundation model for protein phenotypes, bioRxiv 2024.12.10.627665 1. 專案概述 (Project Overview) 1.1 一句話說明 ProCyon 是由 Harvard Medical School 的 Zitnik Lab（...
Repository: mims-harvard/SHEPHERD Stars: 83 · Language: HTML（文件/專案頁）；核心程式碼為 Python + PyTorch + PyTorch Geometric 論文：npj Digital Medicine 8, 1–22 (2025) ——「Few shot learning for phenotype-driven diagnosis of patients with rare genetic diseases」 線上 Demo：Hugging Face Space · 專案...
Repository: mims-harvard/ToolUniverse Stars: 1554 · Forks: 235 · License: Apache-2.0 · Language: Python 論文: Democratizing AI Scientists using ToolUniverse (arXiv:2509.23426, 2025) 官網: https://aiscientist.tools · 文件: https://zitniklab.hms.harvard.edu/ToolUniverse/ 目錄 專案概述 核心架構 安裝與設定 基本使用 進階功能與應用場景 AIKT 整合分析與策略 效能、限制與替代...
Repository: mims-harvard/TxAgent｜Stars: 640｜Language: Python｜License: MIT 論文：Gao et al., TxAgent: An AI Agent for Therapeutic Reasoning Across a Universe of Tools, arXiv:2503.10970 (2025) 團隊：Harvard Medical School — Zitnik Lab (mims-harvard) 目錄 專案概述 核心架構 安裝與設定 基本使用 進階功能與應用場景 AIKT 整合分析與策略 效能、限制與替代方案 總結與建議 1....
Repository: mims-harvard/TxGNN Stars: 276 · Language: Jupyter Notebook · License: MIT 論文預印本：medRxiv 2023.03.19.23287458 線上 Explorer：txgnn.org 出處實驗室：Harvard MIMS Lab（Marinka Zitnik 實驗室） 1. 專案概述 (Project Overview) 1.1 這個專案在解決什麼問題？ 想像一位罕見疾病 (rare disease; 罕見疾病) 患者去看醫生。醫生翻遍藥典，發現目前「正式核准」治療這種病的藥物是零——不是因為沒有藥可能有效，而是因為： 這種病太罕...